Le "SIITUB" se veut une référence pour présenter de façon succincte les méthodes expérimentales fréquemment utilisées en biochimie. Il ne s'agit pas de protocoles expérimentaux en tant que tels. Pour chacune des méthodes, on y présente les principes de base, les méthodes et les appareils, les principales applications à la biochimie, etc. Le SIITUB est en "construction permanente".

Des nouvelles sections seront ajoutées au fur et à mesure. Des corrections et des mise-à-jour seront apportées, si nécessaire, aux textes déjà affichés. La date de la dernière version est indiquée entre parenthèses à la suite de la description du contenu de chaque section. Une même section peut apparaitre dans plusieurs rubriques si cela est pertinent.

MÉTHODES DE LABORATOIRE DE BASE:

• pH et solutions tamponnées: préparation de solutions tamponnées, commentaires sur quelques produits tampons couramment utilisés 
• Solutions physiologiques: utilisation et description de certaines solutions physiologiques, préparation, stérilisation

MÉTHODES GENERALES
 

• Homogénéisation: méthodes et dispositifs d'homogénéisation des tissus et cellules
• Dialyse: principes, description, applications diverses, calculs de concentration
• Lyophilisation: principes, appareillage, techniques de base
• Filtration et ultrafiltration: types de filtre, dispositifs de filtration, ultrafiltration, microconcentration, stérilisation à froid
• Détergents et dénaturation des protéines: divers types de détergents et d'agents chaotropiques

DOSAGES

• Dosage d'enzymes: unités enzymatiques et de vitesse, techniques de mesure des activités et des vitesses, dérivation des paramètres cinétiques, etc.
• Dosage des protéines: principes, avantages et faiblesses des principales méthodes de dosage des protéines

CHROMATOGRAPHIE
 

• Chromatographie en biochimie: (en préparation)
• Chromatographie d'échange ionique
• Filtration sur gel: principes, principaux gels, volume mort et calibrage de la colonne, dessalage, détermination de masse moléculaire, purification de protéines, colonnes, échantillons, élution
• Chromatographie d'affinité: principes, description des principales étapes, exemples de chromatographie de protéines et d'acides nucléiques

ÉLECTROPHORESE DES PROTEINES
 

• Électrophorèse: principes généraux de l'électrophorèse, brève présentation des types d'électrophorèse les plus courants (gel de polyacrylamide, agarose, etc.)
• Électrophorèse des protéines en gel d'acrylamide: principes, polymérisation, EGPA-SDS, estimation de la masse
• Focalisation isoélectrique (FIE) et électrophorèse bidimensionnelle: principes de séparation des protéines selon le pI, création de gradients mobiles et immobilisés, électrophorèse bidimensionnelle
• Buvardage (Transfert électrophorétique de protéines - transfert western): description générale des méthodes de transfert électrphorétique des protéines et d'application directe des protéines, conditions de transfert, immunodétection

PROTÉINES et ENZYMES
 

• Détergents et dénaturation des protéines: divers types de détergents et d'agents chaotropiques
• Précipitation des protéines: principes de base, précipitation avec des solvants, avec des acides, avec des sels, précipitation différentielle, importance dans la purification
• Dosage des protéines: principes, avantages et faiblesses des principales méthodes de dosage des protéines et de détermination des paramètres cinétiques détection qualitative
• Purification des protéines: stratégies de purification, conservation et rangement, tableau de purification
• Détergents et dénaturation des protéines: divers types de détergents et d'agents chaotropiques
• Dosage d'enzymes: unités enzymatiques et de vitesse, techniques de mesure des activités et des vitesses, dérivation des paramètres cinétiques, .
• LDH: dosage, séparation des sous-unités, etc.
• Concanavaline A: structure, propriétés, applications...
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CENTRIFUGATION

• Centrifugation: principes généraux, équations, centrifugeuses, rotors, calcul de vitesse
• Centrifugation en gradient: gradients discontinus et continus, préparation des gradients, rotors, séparations zonales et isopycniques

TECHNIQUES IMMUNOCHIMIQUES

• Préparation des anticorps: anticorps polyclonaux et monoclonaux, purification... 
• Immunodiffusion et immunoélectrophorèses: mécanisme de formation des lignes de précipitine, IDD, IES, IEC, IE de Laurell   
• Systèmes d'immunodétection: principes de l'emploi des anticorps dans le dosage ou la détection, anticorps primaires, secondaires, conjugués, systèmes avidine-biotine, traceurs
• Techniques immunochimiques de détection qualitative: méthode de base, détection chromogénique et chimiluminescente
• Immunodosage quantitatif: méthodes de base, eliza, RIA, modes et sytèmes de détection

RADIO-ACTIVITÉ

• Radio-isotopes:  caractéristiques, demi-vie, énergie, unités de mesure, sécurité, techniques et isotopes utilisés en biochimie, marquage métabolique
• Comptage par scintillation en milieu liquide: principes, comosantes mécanismes, compteur à scintillation, masquage, chemiluminescence, scintillation de proximité
• Autoradiographie et fluorographie: principes de fonctionnement, localisation des protéines dans un gel d'électrophorès

ÉTUDE DE DIVERS PHÉNOMÈNES

Section consacrée aux méthodologies et techniques reliées à certains sujets vus spécifiquement dans les cours BC4882 ou autres.

• Étude de la photosynthèse: systèmes expérimentaux (cellules entières, chloroplastes isolés), mesure de l'activité photosynthétique (manométrie, radio-isotopes, oxydants de Hill...). 
• Etude des membranes: systèmes expérimentaux. détergents.

• NOUVELLES APPROCHES EXPERIMENTALES

Section consacrée aux méthodologies et techniques novatrices développées récemment.

• Protéines chimériques: avec protéines fluorescentes (GFP) ou bioluminescentes (obéline), hélice à cystéine (990510)
• Nouvelles techniques et approches expérimentales diverses: moulage moléculaire, barbillons moléculaires (99 04 19)
• Nouvelles techniques d'analyse physique des protéines: techniques basées sur la microscopie de force atomique: spectroscopie de force moléculaire,.... (00 04 26)
• Protéomique: